So với Lê Văn Hưu

Trong khi Lê Văn Hưu thiết lập điểm khởi đầu cho lịch sử Việt Nam là sự thành lập Vương quốc Nam Việt,[84] Ngô Sĩ Liên đi xa hơn nữa khi xác định các nhân vật Kinh Dương Vương và Lạc Long Quân trong truyền thuyết là tổ tiên của người Việt Nam.[85] Vì thiếu nguồn tư liệu lịch sử về Kinh Dương Vương và Lạc Long Quân, một số ý kiến cho rằng lời giải thích về nguồn gốc của người Việt Nam của Ngô Sĩ Liên chỉ là một cách để mở rộng niên đại của nền văn minh Việt Nam hơn là việc xác lập điểm khởi đầu của lịch sử Việt Nam[86][87]. Khi bắt đầu biên soạn tác phẩm của mình, Ngô Sĩ Liên đã có quan điểm khác với các học giả thời Trần về họ Hồng Bàng, đó là trong khi các học giả thời Trần chỉ đề cập đến họ Hồng Bàng như một sự tượng trưng trong lịch sử Việt Nam, Ngô Sĩ Liên xác định họ Hồng Bàng là triều đại đầu tiên của Việt Nam và trị vì đất nước từ năm 2879 TCN đến năm 258 TCN, nghĩa là có trước nhà Hạ là triều đại đầu tiên của Trung Quốc hơn 600 năm.[86] Tuy nhiên, tư liệu của Ngô Sĩ Liên về khoảng thời gian dài này là quá ít ỏi[88] nên các nhà sử học hiện đại đặt nghi vấn về tính xác thực về niên đại của các vua Hùng do Ngô Sĩ Liên đặt ra và suy đoán rằng Ngô Sĩ Liên xác định niên đại này chủ yếu để phục vụ cho mục tiêu chính trị của nhà Lê nhằm để nâng cao Đại Việt ngang hàng với Trung Hoa.[89]

Cũng như Lê Văn Hưu, Ngô Sĩ Liên coi Vương quốc Nam Việt là một phần của Việt Nam, quan điểm này bị Ngô Thì Sĩ,[90] một nhà sử học Việt Nam vào thế kỷ XVIII, cùng các nhà sử học hiện đại phê phán vì các vua Nam Việt đều là người Hán.[91][92][93]

Trong bình luận về sự thất bại của Lý Nam Đế dưới tay Trần Bá Tiên dẫn đến thời kỳ Bắc thuộc lần 3, Lê Văn Hưu phê phán Lý Nam Đế là kém tài năng trong khi Ngô Sĩ Liên cho rằng ý trời chưa muốn cho Việt Nam độc lập.[94]

Khác

Trong khi Lê Văn Hưu dành mối quan tâm hàng đầu là nền tự chủ của đất nước trước Trung Quốc[95] thì Ngô Sĩ Liên, theo ý kiến của nhà sử học O.W. Wolters, đã xem lịch sử Trung Quốc là tiêu chuẩn đánh giá các sự kiện lịch sử trong lịch sử Việt Nam.[96] Khi bình luận về một sự kiện, nhà sử học thường trích dẫn một đoạn từ các tác phẩm kinh điển của Nho giáo hoặc các tác phẩm khác của Trung Quốc như Tống thư để làm hoa mỹ thêm lời bình luận của mình.[97]

Xuất phát từ quan điểm Nho giáo, Ngô Sĩ Liên thường đưa ra các nhận xét tiêu cực về các nhân vật lịch sử có hành vi trái ngược với quan điểm Nho giáo. Ví dụ, mặc dù là một ông vua trị vì thành công, nhưng Lê Đại Hành vẫn bị chỉ trích nặng nề trong Đại Việt sử ký toàn thư do việc ông kết hôn với Dương Vân Nga là thái hậu của tiền triều. Một nhà nghiên cứu suy đoán rằng do có thành kiến với vua Lê Đại Hành nên Ngô Sĩ Liên quyết định đem bài thơ nổi tiếng Nam quốc sơn hà sang thời Lý Thường Kiệt thay vì đặt ở thời Lê Đại Hành, trong khi một số nguồn cho rằng Lê Đại Hành mới là tác giả của Nam quốc sơn hà.[98][99] Các việc làm của các vị vua mà không theo các quan điểm về đạo đức và chính trị của Nho giáo cũng bị Ngô Sĩ Liên chỉ trích như việc Đinh Tiên Hoàng lập 6 Hoàng hậu, Lê Long Đĩnh lập 4 Hoàng hậu hay Lý Thái Tổ thiếu quan tâm đến việc học tập Tứ thư, Ngũ kinh.[100] Đặc biệt trong trường hợp nhà Trần, Ngô Sĩ Liên luôn luôn có những nhận xét phê phán về việc kết hôn giữa các thành viên gần huyết thống trong gia tộc nhà Trần (hôn nhân nội tộc). Khoảng thời gian ngắn duy nhất trong thời Trần mà Ngô Sĩ Liên ca ngợi là từ khi Trần Thái Tông mất năm 1277 đến khi Trần Anh Tông mất năm 1320, trong khi đó ông vẫn lên án hành động của các vua Trần, chẳng hạn như cuộc thanh trừng tàn nhẫn của Trần Thủ Độ đối với họ Lý hay cuộc hôn nhân gây tranh cãi giữa Trần Thái Tông và Công chúa Thuận Thiên.[101]

Bên cạnh giá trị lịch sử, Đại Việt sử ký toàn thư cũng được coi là một tác phẩm quan trọng của văn học Việt Nam bởi vì Ngô Sĩ Liên thường cung cấp thêm thông tin về nhân vật lịch sử được đề cập bằng những câu chuyện bổ sung được viết giống như một tác phẩm văn học.[83] Từ các lời bình luận của Ngô Sĩ Liên, có vẻ như nhà sử học cũng đã cố gắng xác lập và giảng dạy các nguyên tắc đạo đức dựa trên các khái niệm của Nho giáo.[102] Ví dụ, Ngô Sĩ Liên đã nhiều lần đề cập khái niệm người quân tử, theo đó quân tử phải có cả phẩm chất tốt và cách cư xử công bằng, Ngô Sĩ Liên cũng nhấn mạnh tầm quan trọng của người quân tử bằng cách chỉ ra sự khác biệt giữa một người quân tử và một kẻ tiểu nhân hay xác định kết quả đạt được đối với một người quân tử.[102]